Deux types principaux de contrôles sont réalisés.
D’une part, on vérifie si les superficies déclarées par l’agriculteur correspondent réellement aux superficies cultivées sur le terrain. Cette vérification se fait par calcul au départ des parcelles dessinées sur les photographies aériennes. Le SIGEC délivre la superficie des parcelles et constate les conflits entre parcelles.

D’autre part, on vérifie si la culture déclarée correspond bien à celle pratiquée par l’exploitant. Les images satellitaires donneront l'occupation du sol par classification automatique. Dans l'éventualité d’un doute suite à l'analyse des données satellitaires, une visite rapide est organisée sur le terrain afin de confirmer la culture déclarée. Ces informations sont finalement mises à la disposition des contrôleurs de terrain. La figure ci-contre présente schématiquement cette méthodologie.

Le calendrier des contrôles s’établit comme suit:

1. Dès réception des images, vérification de leur qualité et corrections géométriques (ou orthorectification). Idéalement, il faut pouvoir disposer d’un minimum de 3 images par site de contrôle, espacées dans le temps d’au moins 15 jours : une au printemps et deux en été. Une image supplémentaire en automne peut servir pour le diagnostic des cultures d’hiver, mais il peut y avoir confusion avec les cultures de l’année précédente non encore récoltées. Les meilleures images sont celles des satellites à haute résolution dans le visible ou le proche infrarouge (SPOT, IRS-1C, Landsat).

2. Dès le retour des dossiers de demande de subventions (avril), démarrage de l’encodage parcellaire sur photographies aériennes à 1 mètre de résolution (images SIGEC). Cette numérisation est réalisée dans les centres provinciaux du Ministère. Elle permet de mettre directement en évidence les problèmes de superficie (non-concordance avec la superficie déclarée) ou de conflits entre parcelles (même parcelle déclarée par plusieurs agriculteurs).

3. Dès la fin de l’encodage (juin - juillet), réalisation de la classification automatique des images satellitaires avec émission d’un diagnostic pour chaque parcelle. Les étapes 1 et 3 sont réalisées par les spécialistes de télédétection du Ministère de l’Agriculture.

4. La photo-interprétation: A partir d'une base de données images, le personnel des bureaux provinciaux du Ministère belge de l’Agriculture peut consulter différents éléments graphiques (e.a. des images de satellites prises à des dates différentes) sur écran d’ordinateur et ainsi sélectionner et préparer au mieux les visites de terrain.

5. Visites rapides de terrain (à partir d’août jusqu’au début de l’automne) des parcelles classifiées comme «incertaines». Les contrôleurs disposent de cartes au 1/20.000 et d'orthophotoplans à l'échelle 1/15.000 reprenant les parcelles à visiter. En complément des plans, une liste reprend le numéro des parcelles à visiter ainsi que la culture déclarée. Au retour, le contrôleur encodera les spéculations trouvées sur le terrain.

Le calendrier est très serré et ne peut souffrir d’aucun retard. Remettre le diagnostic dans les mains des fonctionnaires-contrôleurs tard dans l’année peut conduire à des vérifications de terrain alors que la récolte (et peut-être le labour) vient d’avoir lieu.

Comme on l’a vu, le contrôle des subventions est ainsi effectué essentiellement à l'aide de la télédétection. Grâce à un outil de contrôle développé par des ingénieurs belges intégrant différents aspects de l’observation indirecte, il est possible de contrôler les surfaces des parcelles et suivre les cultures arables pratiquées. Sans l'apport de l'imagerie satellitaire, il aurait été budgétairement et matériellement impossible de contrôler d'une manière efficace les déclarations des agriculteurs dans le respect du délai imposé. Néanmoins, chaque année, la tâche reste imposante et exige une grande rigueur de la part des fonctionnaires.